El diseño del edificio, a cargo de los arquitectos Teodoro González de León y Abraham Zabludovsky, comenzó desde 1972. Tras varias interrupciones en la elaboración del proyecto -que implicaron también algunas modificaciones en su concepción-, se dio inicio en 1979 a la construcción que concluyó dos años después. El edificio, tanto por la particularidades de su diseño como por las soluciones plásticas y funcionales que integra, se hizo merecedor al Premio Nacional de Arquitectura 1981 y es considerado como uno de los pocos ejemplos de arquitectura contemporánea destinada, desde su proyecto original, a la labor museística.Desde el inicio del proyecto, el edificio fue concebido como una pieza más de la colección del museo, de hecho la más importante, la más activa y por supuesto la de mayor tamaño. Ocupa 2,800m2 y 4500 m2 de construcción y posee una estructura de varios niveles –lo que remite a la herencia arquitectónica prehispánica- que se concentra sobre sí misma en volúmenes ciegos de concreto escalonado hacia el centro, que al disimular los volúmenes da la sensación de que el edificio brota del suelo y surge así como un cuerpo no invasor del bosque, sino integrado naturalmente al terreno que le rodea.